Unter Ubuntu ist bei mir der Fall aufgetreten, dass der VLC Player Videos zwar richtig abspielt, aber diese immer „on top“ anzeigt (auch wenn das Fenster verkleinert wird) und sie nicht skaliert (sondern immer die Originalgröße behalten). Es handelt sich dabei um ein Problem mit dem Skylake Grafiktreiber. Eine Lösung gibt es unter https://github.com/linuxenko/ubuntu-skylake-i915-video-fix (Ubuntu 15.10 / 16.04 und Intel HD530 / HD520).
Hier der „Lazy fix“:
cd /tmp
wget https://github.com/linuxenko/ubuntu-skylake-i915-video-fix/releases/download/v1/20-intel.conf
sudo cp 20-intel.conf /usr/share/X11/xorg.conf.d/20-intel.conf